- Θεία Λειτουργία: καθημερινές 6:30- 9 π.μ., Κυριακές 7- 10 π.μ.
- Εσπερινός και Παράκληση: 5 μ.μ.
- Ιερό Ευχέλαιο: την πρώτη Κυριακή κάθε μήνα, μετά τον Εσπερινό
Εορτές
- Ιερά πανήγυρις αγίων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης: Λαμπροδευτέρα απόγευμα Πανηγυρικός Εσπερινός και Λαμπροτρίτη το πρωί Πανηγυρική Θεία Λειτουργία και λιτανεία (Τρίτη του Πάσχα). Μετά τη λιτανεία τίθεται σε προσκύνηση τμήμα της Κάρας του Αγίου και τα υπόλοιπα ιερά λείψανα
- Κυριακή των Μυροφόρων (δεύτερη Κυριακή μετά το Πάσχα): Πανηγυρική Θεία Λειτουργία, λιτανεία και στη συνέχεια τίθεται σε προσκύνηση τμήμα αφθάρτων λειψάνων της αγίας Μαρίας της Μαγδαληνής
- 1 Ιανουαρίου: Πανηγυρική Θεία Λειτουργία προς τιμή του Μεγάλου Βασιλείου στο Ιερό Παρεκκλήσιό του εντός της Μονής
- 29 Ιουνίου: Πανηγυρική Θεία Λειτουργία προς τιμήν των αγίων αποστόλων Πέτρου και Παύλου στο Ιερό Παρεκκλήσιό τους εντός του καθολικού της Μονής
- 14 Σεπτεμβρίου: Πανηγυρική Θεία Λειτουργία - προσκύνηση Τιμίου Ξύλου
- 30 Νοεμβρίου: Πανηγυρική Θεία Λειτουργία προς τιμήν του αγίου αποστόλου Ανδρέου στο Ιερό Παρεκκλήσιο εντός του καθολικού της Μονής
Αγρυπνίες
- 22 προς 23 Ιουνίου: Εις ανάμνηση της ευρέσεως του λειψάνου του αγίου Ραφαήλ (Λέσβος, 23.6.1959)
- 21 προς 22 Ιουλίου: Προς τιμή της αγίας Μαρίας Μαγδαληνής
- 1 προς 2 Αυγούστου: Εις ανάμνηση της ευρέσεως της εικόνος του Παντοκράτορος (Λέσβος, 1.8.1961)
- 24 προς 25 Νοεμβρίου: Προς τιμήν της αγίας Μεγαλομάρτυρος Αικατερίνης
